在世界尽头咏唱恋曲的少女YUNO

主人公·有马拓也幼年丧母，身为历史学者的父亲也在两个月前因事故去世。在各个方面都失去了活力的高中最后的暑假。某天，他收到了装有镶嵌着用途不明的圆镜和玻璃珠的奇妙物体的小包裹。一起送来的信中有着令人想到父亲还活着的内容……？！“今晚10点，带着这个东西到剑之岬（三角山）来。”他按照指示前往那个地点，却发现神秘的女性倒在那里。而且，那里还有学园长和神秘转学生的身影。一瞬间，随着大地的轰鸣，他被光所包围……。前往并列世界的旅程，由此开始了。